La band nasce nel 1995 dall'incontro tra Alex Callier, nonché leader, Frank Duchêne e Raymond Geerts. Diverse le voci che si sono alternate nel tempo: Esther Lybeert; Liesje Sadonius, per il primo album; Kyoko Baertsoen; Geike Arnaert - dal 1997 al 2008, rientrata poi nel gruppo dal 2020 - Noémie Wolfs e Luka Cruysberghs. La formazione attuale del trio vede Alex Callier, al basso e alla tastiera, Raymond Geerts, alla chitarra e la voce di Geike Arnaert.
La loro musica è in continua evoluzione: partendo dal trip-hop ha incorporato elementi psichedelici, pop e orchestrali, dando vita a un'infinità di generi e sottogeneri, spaziando e sperimentando tra suoni e influenze. Il singolo Mysterious (2022) richiama William Orbit, Faithless, Massive Attack e Moloko. Seguono Don't Think e Por Favor e l'ultimo And Then I Found You pubblicato a settembre 2023. Un brano ispirato alla musica elettronica degli anni '90 come Todd Terry e Everything But The Girl, con cui gli Hooverphonic sono tornati alle origini.
Il singolo BARBAS, contenuto nell'album di debutto del 1996 A New Stereophonic Sound Spectacular, è stato campionato dal rapper americano Nas nel brano TSK(settembre 2023).